明代万历三十年（1602），安徽宣城人沈有容调任福建浯屿把总，移镇石湖寨，并负责修建石湖寨城。据明代黄国鼎《石湖爱民碑》记载，刚得知浯屿水寨迁移石湖时，蚶江沿海百姓担心水寨守军军纪涣散，祸害民众，非常忧虑。于是，沈有容约束部属，严明纪律。他通过变卖公产所得，并捐出自己多年积攒的赏银，将石湖寨旧营房加以扩建。此举，不扰民、不摊派，深得蚶江百姓拥戴。沈有容镇守石湖期间，整肃军纪，关爱百姓，指挥士卒兴建海堤以防止海水倒灌侵袭良田，石湖百姓亲切地将这座海堤称为“沈公堤”。

据陈第《舟师客问》记载，当时，称台湾为“东番”。漳州、泉州沿海商人“往往译其语言，与贸易，以玛瑙、瓷器、布、盐、铜簪环之类，易其鹿脯、皮角。”后来，海盗与倭寇相勾结，盘踞台湾南部地区，大肆勒索商人、渔民的巨额财物，台湾北港贸易控制权自此落入倭贼手中。连台湾土著民也深受其害，不敢再在沿海平原打猎，只好迁往内地山区躲避。消息传回福建，巡抚朱运昌给沈有容下达密令，让其择机出兵东番，剿灭倭寇。由于泉州海商对台湾南部的地理、人文诸情势颇为熟悉。于是，沈有容私下招募石湖船主郭廷，让他在前往台湾贸易之时，利用关系，收集台湾南部的地理、气候、水文信息，绘制地图，标注可供船舶停靠的地点。如此说来，台湾南部最早的地图竟然是400多年前一位名叫郭廷的石湖人制作的。

做好战备后，万历三十年（1602）十二月，沈有容率领水师从石湖港出海，经由金门、澎湖，突袭盘踞在台湾南部的倭寇，攻其不备，大获全胜。多年后，右给事中彭惟城上疏议政，曾论及沈有容，称道：“沈有容在闽，能越海数日歼倭众于东番。东番自是敛戢，倭亦戒不敢掠至闽且十年，皆有容之力也。”可见，沈有容东番平倭之役，影响深远，为闽台通商贸易的兴盛以及北港的发展创造了极其有利的外部条件。

沈有容率军在台湾南部登陆，当地居民在酋长的带领下，“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿，来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也。”这是明朝中央政府在台湾宣示主权的一次重大行动。此举，足使沈有容名垂青史。福建连江人陈第随军出征，凯旋后在蚶江丰山寺寓居数月，根据亲身经历，写成《东番记》《舟师客问》，成为记载明代台湾史至关重要的文献史料。

万历三十二年（1604），荷兰东印度公司韦麻郎等率领三艘巨舰，趁明军换防之际，占领澎湖马公岛。他们以互市为名，企图像葡萄牙占领澳门一样永远占领澎湖列岛。沈有容做好严密的战备部署，同时不顾自身安危，单舟驰往荷兰舰船，指陈利害，严正晓谕，不费一枪一弹便迫使韦麻郎退兵。韦麻郎临去之时，请画师为其画像，以示尊敬。

万历三十四年（1606），沈有容调任浙江都司参将，石湖百姓为感念沈有容功德，为建生祠以怀其德政。沧桑变化，石湖沈公祠已难觅踪迹，可是，沈有容威镇海疆，东番平倭的历史功绩，早已在泉州人民心中树立起永不磨灭的丰碑。